Los orígenes del conflicto residen en la siguiente cadena de hechos:
1. Desde 1959, la Revolución Cubana impulsó varias medidas de carácter popular algunas de las cuales, como la Ley de Reforma Agraria, afectaron intereses norteamericanos en la isla. Como respuesta, la administración de Eisenhower inició una agenda política dirigida a derrocar el régimen popular recién instaurado. Ésta comprendía el bloqueo económico, propaganda contrarrevolucionaria, fomento y apoyo de grupos armados dentro de Cuba contrarios a Fidel Castro, sabotajes a instalaciones económicas y civiles, filtración de espías; ataques piratas, quemas de campos de caña de azúcar, intentos de asesinato a sus principales líderes; violaciones del espacio aéreo y naval por aviones y navíos de guerra norteamericanos. Y, finalmente, poner en marcha un plan para invadir militarmente a la isla utilizando exiliados cubanos y mercenarios latinoamericanos. Aunque participarían pilotos de guerra norteamericanos, no estaba prevista la intervención directa del ejército de Estados Unidos.
2. La derrota sufrida por la administración Kennedy en el intento de invadir la República de Cuba, utilizando un desembarco de disidentes entrenados por la C.I.A por Bahía de Cochinos. La respuesta militar desencadenada por Cuba bajo la dirección de Fidel Castro derrotó la invasión en menos de 72 horas.
3. Como respuesta al fracaso de Bahía de Cochinos, Estados Unidos puso en marcha la Operación Mangosta. Ésta constituía, entre otras cosas, un plan secreto de invasión militar a Cuba, pero ahora de manera directa utilizando el ejército norteamericano. Se planeaba iniciar el conflicto mediante una provocación tipo Maine que tuviera lugar en la Base Naval de Guantánamo o en las aguas jurisdiccionales de Cuba.
4. Los servicios de Inteligencia de la Unión Soviética detectan el plan de invasión militar inminente y notifican a Cuba.
5. El líder soviético Nikita Jrushchov aprovechó la coyuntura para proponer a La Habana la instalación en Cuba de cohetes de alcance medio como medida disuasiva contra los planes del gobierno norteamericano. Fidel Castro entra en desacuerdo y le dice que con ese propósito, es preferible un acuerdo militar entre Cuba y la URSS. En dicho tratado se establecería que una invasión a la República de Cuba sería equivalente a un ataque directo a la Unión Soviética, pero Jrushchov no estuvo de acuerdo e insiste en que la instalación de los misiles no solo serviría para proteger a Cuba, sino también para aumentar la capacidad defensiva de todo el bloque socialista. El líder cubano acepta, pero sugiere que el traslado y la instalación de los cohetes se realicen de forma pública. Sin embargo, los soviéticos se niegan a hacerlo antes de que los cohetes queden operativos.
6. Por su cercanía a Estados Unidos, una base de misiles de este tipo potencialmente podía vulnerar a aquel país, compensando la escasa provisión soviética de misiles de alcance intercontinental, igualando así, la amenaza que significaba para el pueblo soviético los misiles estadounidenses emplazados en Turquía, estado fronterizo con la URSS, y en la República Federal Alemana. Por ello, el líder soviético Nikita Jrushchov y su gobierno decidieron asegurar la isla con la instalación de bases de misiles, con capacidad para alcanzar Estados Unidos y dispuestos para llevar cabezas nucleares. Daban así un paso más en la carrera armamentista que caracterizó el periodo de la guerra fría entre estas dos potencias.
7. Los soviéticos habían subestimado la capacidad de los servicios de Inteligencia de los Estados Unidos y éstos no demoran en detectar a través de violaciones del espacio aéreo cubano con aviones espías U-2; la presencia de las bases de cohetes.
8. Estados Unidos pide cuentas a la URSS, pero esta vez los líderes soviéticos prefieren probar la táctica del engaño y seguir ocultando la operación.
